PyMOL
PyMOL是一个开放源码,由用户赞助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC将它商业化。DeLano Scientific LLC是一个私人的软件公司,它致力于创造让普遍的科学与教育社群都能获取的好用软件工具。
PyMOL的使用界面:包括一个图形显示窗口和一个GUI窗口。 | |
开发者 | DeLano Scientific LLC |
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当前版本 |
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源代码库 | |
操作系统 | Windows、各类Linux和Unix、OSX |
类型 | 分子建模 |
许可协议 | 开放源码,用户赞助 |
网站 | pymol.sourceforge.net |
PyMOL适用于创作高质量的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。软件的作者宣称,在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码可视化工具。
软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所派生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。
商业化举措
自2006年8月1日起,DeLano Scientific对于事先编译过的PyMOL执行程序(包括beta版)的获取采取限定下载的措施。 目前,完全无限制的可执行程序只有付费用户可以获取。学生和教师可以通过一项声明来获取教育版PyMOL以用于教学和其它受限制的领域。用户还可以在一定时间内免费使用评估版本,以便于决定是否购买该软件。
PyMOL的源代码目前仍可以免费下载,供用户编译。对于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统,非付费用户可以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程序;而对于Windows的用户,如果不安装第三方软件,则无法编译源代码。这表示使用Windows的用户获取新版PyMOL(PyMOL1.0及之后的版本)执行程序的方式就是成为付费会员,或者使用第三方软件(如Cygwin)进行编译[2]。
类似软件
参考文献
- ^ https://pymol.org/dokuwiki/?id=media:new23#pymol_v2.3.3_maintenance_release_august_21_2019.
- ^ (英文)Windows Install. [2008年1月9日]. (原始内容存档于2007年10月25日).
外部链接
- PyMOL主页(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- PyMOL Wiki(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- DeLano Scientific LLC(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- Protein alignment program coupled with PyMOL(页面存档备份,存于互联网档案馆)
- Molecular movie-making with PyMOL