阿伏伽德罗 (软件)
关于与“阿伏伽德罗”同名的其他主题，请见“阿伏伽德罗 (消歧义)”。阿伏伽德罗（英语：Avogadro）是一个分子编辑软件，是一款自由软件，被设计用于计算化学，分子建模，生物化学，材料科学， 以及相关领域的跨平台软件[2][3][4][5]。并且提供添加插件，附加组件或插件的功能[6]。其名称是以意大利化学家阿伏伽德罗命名的。
 | |
| 首次发布 | 2009年10月23日 |
|---|---|
| 当前版本 |
 |
| 源代码库 | |
| 编程语言 | C++ (Qt) |
| 操作系统 | Linux, Mac OS X, Microsoft Windows |
| 许可协议 | Avogadro 1：GNU通用公共许可证 Avogadro 2：3句版BSD许可证 |
| 网站 | avogadro.openmolecules.net |
特点
- 分子构造/编辑器可在Windows， Linux和Mac OS X三种平台上运作。
- 所有的源代码皆发布于GNU GPL（Avogadro 2则改用3句版BSD许可证许可）。
- 支持多国语言，目前有翻译成中文、法语、德语、意大利语、俄语和西班牙语（默认语言为英文）。
- 支持多线程渲染和计算。
- 插件架构的开发，包括渲染、交互式工具、命令、和Python脚本。
- 能openbabel导入文件，输入生成多种计算化学程序产生的数据包、晶体和生物分子。
历史
2007年5月17日发表了Avogadro，为第一次正式公测，也是该软件首个发布的版本，0.1.0版，截至2009年6月，已发布到0.9.8版，当时就已经包含了很完整的功能。
2009年6月12日，Avogadro被开源发表于Qt。6月23日，Avogadro荣获SourceForge社区选 择奖“院士项目”的奖项。10月23日，Avogadro改版并发布1.0正式版，并使用GNU GPLv2条款[7]。目前最新版本是1.1.1。
2013年4月11日，Avogadro项目发布Avogadro 2的首个测试版本，其成为Open Chemistry软件套装的一部分[8] ，与其他两个软件可以一起使用，也能分开执行，使用Qt4重新编写代码，并加入了一系列的新功能，且改为使用3句版的BSD许可证许可。
功能
基本功能为分子编辑，创建及构造，并可选择周期表上任意元素，透过更改元素数据库，甚至能添加一些新的元素，如:电子偶素与渺子偶素。另外，程序附有自动加上氢功能，能依据酸碱值添加氢原子，并附有分子结构最适化功能，能依据价电子排斥理论或分子轨域理论进行计算分子结构。
令外有额外的分子力学、生物化学、光谱学等功能，但是要先自行准备数据库方可使用。
程序有内附测量功能，可测得键角与键长等分子物理量，并且能找出其分子的所有异构物。
缺点
由于数据库资料有限，因此作出的分子结构会与实际值有所误差，因此，使用软件作出的一些数据仅供参考，应以实际实验为主，软件仅作为辅助功用。
例子
例如要制作一个丙硫醇，只需现任意将三个碳连接起来，在使用内附的加上氢功能，然后在任意碳上接一个硫，最后再使用分子结构最适化，程序会依据分子力学、元素资料、电负度、孤对电子数等信息用不同的模型计算出最接近真实的分子结构。
| 三个碳 | 三个碳加上氢 | 分子结构最适化 |
相关条目
参考文献
- ^ Avogadro 1.2.0.
- ^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J. Cheminform. 2012, 4 (1): 17. PMC 3542060 . PMID 22889332. doi:10.1186/1758-2946-4-17.
- ^ Ral Mera-Adasme; Fernando Mendizbal; Claudio Olea-Azar; Sebastin Miranda-Rojas; Patricio Fuentealba. A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure. J. Phys. Chem. A. 2011, 115 (17): 4397–4405. PMID 21469689. doi:10.1021/jp107498h.
- ^ Michael Salciccioli; Weiting Yu; Mark A. Barteau; Jingguang G. Chen; Dionisios G.Vlachos. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (20): 7996–8004. PMID 21526776. doi:10.1021/ja201801t.
- ^ Open Babeldocumentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
- ^ home page[永久失效链接]
- ^ 开发者网页 （页面存档备份，存于互联网档案馆） sourceforge.net [2013-11-21]
- ^ Marcus Hanwell. First Open Chemistry Beta Release. [2013-12-16]. （原始内容存档于2015-08-13）.
外部链接
- Avogadro home page（页面存档备份，存于互联网档案馆）